結論として、36協定は届出によって効力が生じるため、有効期間の開始日までに所轄労働基準監督署へ届け出る必要があります。期限を過ぎた期間に時間外・休日労働をさせると労働基準法違反となり、遡って適法化することはできません。遅れたときは速やかに新たな労使協定を締結し、様式第9号等で電子申請・郵送・窓口のいずれかで再提出してください。令和3年4月1日から電子申請は電子署名・電子証明書が不要で、e-Govまたは「確かめよう労働条件」から申請できます。
症状の確認：期限切れに該当するか
次のいずれかに当てはまる場合は「期限過ぎ」として速やかな再届出が必要です。
チェックリスト
- 有効期間の満了日を過ぎて新しい協定を届け出ていない
- 協定は締結したが労働基準監督署へ届け出る前に時間外労働を開始した
- 有効期間の開始日を過ぎてから協定を届け出た
- 事業場の所在地や協定内容が変わったのに再届出していない
36協定の期限の原則：有効期間の開始までに届出
東京労働局の手引では「36協定は届出をもって有効になりますので、有効期間の開始までに届出をしてください」と明記されています。協定書を作成しても届出がなければ効力は生じず、開始日以降の時間外・休日労働は根拠を欠くことになります。起算日は有効期間の開始日と一致させることが推奨されています。
期限を過ぎた状態で時間外労働をさせた場合の影響
期限切れや未届の期間に法定時間を超える労働や法定休日労働をさせると、労働基準法第32条・第35条違反となり、是正勧告や指導の対象になります。違反には労働基準法第119条に基づく罰則（6か月以下の懲役または30万円以下の罰金）が定められており、記録上も適法な残業と認められません。延長を再開するには新たな協定の効力が必要です。
期限を過ぎたらすぐに行うべき対応
現状の協定と有効期間を確認する
直近の協定届の控え（受付印付き）で有効期間と起算日を確認し、満了日を過ぎているか、未届で開始日を迎えていないかを確認します。
新たな労使協定を締結する
労働者の過半数で組織する労働組合または過半数代表者と協議し、延長事由・業務の種類・労働者数・延長可能時間・有効期間を協定します。双方の合意が明らかな方法で締結し、協定書は3年間保存します。過半数代表者は使用者の指名ではなく投票・挙手等で適正に選出します。
所轄労働基準監督署へ様式第9号等で速やかに届け出る
有効期間の開始日より前に届け出ることが原則ですが、過ぎている場合は即日提出します。電子申請・郵送・窓口のいずれかで提出し、受付印付きの控えを保管します。
電子申請で再提出する手順（e-Gov／確かめよう労働条件）
厚生労働省によると、36協定届はe-Gov電子申請または労働条件ポータルサイト「確かめよう労働条件」から電子申請できます。令和3年4月1日から電子署名・電子証明書は不要になり、社会保険労務士が提出代行する場合も証票のコピーを添付すれば申請可能です。
電子申請の基本ステップ
- e-Gov（https://shinsei.e-gov.go.jp/）または労働条件ポータルサイトへアクセスし、アカウントを用意する
- 手続を検索し「時間外労働・休日労働に関する協定届」を選択する
- 基本情報と申請様式（様式第9号等）に必要事項を入力する。協定事項が様式に収まらない場合は最小限を入力し、詳細な労使協定書を添付書類として添付する
- 提出先の所轄労働基準監督署を選択し、内容を確認して送信する
- 受付印付きの控えをダウンロードして保管する（令和5年2月27日から27手続でダウンロード可能）
本社一括届出を行う場合は、厚生労働省が提供する「一括届出事業場一覧作成ツール」で作成したCSVファイルを添付します。令和5年2月27日から1年単位の変形労働時間制協定届、令和6年2月23日から1か月単位等の協定届も本社一括の対象に追加されています。
窓口・郵送で再提出する場合
窓口・郵送の手順
- 事業場の所在地を管轄する労働基準監督署を確認する
- 様式第9号等の届出書を2部作成する（1部は受付印後に控えとして返戻）
- 窓口へ持参するか、郵送で提出する。郵送の場合は返信用封筒を同封すると控えの返送が円滑です
- 控えを3年間と協定書とともに保存する
必要書類と様式の選び方
| 区分 | 様式 | 用途 |
|---|---|---|
| 一般条項 | 様式第9号 | 限度時間内の協定（通常） |
| 特別条項 | 様式第9号の2 | 限度時間を超える特別な事情がある場合 |
| 研究開発 | 様式第9号の3 | 新技術・新商品等の研究開発業務 |
| 建設（災害復旧含む） | 様式第9号の3の2・3の3 | 建設事業を含む場合 |
| 自動車運転 | 様式第9号の3の4・3の5 | 自動車運転の業務を含む場合 |
| 医師 | 様式第9号の4・5等 | 医業に従事する医師を含む場合 |
様式は東京労働局の「時間外・休日労働に関する協定届」ページからWord・PDFでダウンロードできます。新様式は協定の有効期間が令和6年4月1日以降のものから使用します。記載例も同ページで公開されています。
よくある失敗と遅延を防ぐポイント
失敗例と対策
- 有効期間の起算日と開始日をずらして管理してしまい空白期間が発生する → 起算日は有効期間開始日と一致させる
- 代表者の選出方法が不適正で協定が無効になる → 過半数代表者は投票・挙手等で適正に選出する
- 協定書と届出書を混同し署名・記名押印漏れが起きる → 兼ねる場合は労働者代表の署名または記名押印が必要
- 電子申請で「休日労働の始業・終業時刻」欄の自由入力で改行してエラーになる → 改行せず入力する（厚労省注意事項 令和6年6月3日追記）
相談先
手続の記載方法や運用で迷うときは、所轄労働基準監督署または都道府県労働局へ相談してください。操作方法はe-Govヘルプデスク、制度内容は労働基準部監督課が案内しています。東京労働局の場合は労働基準部監督課（03-3512-1612）が窓口です。
期限を過ぎた36協定を電子申請で遡って提出すれば過去の残業も適法になりますか？
なりません。36協定は届出によって効力が生じるため、効力は新たな届出日以降です。期限切れ期間の時間外・休日労働は遡及して適法にはできず、新協定の開始日以降の労働から適法となります。過去の労働は是正対象となり得るため、速やかに新協定を締結して届け出てください。
36協定の電子申請で電子署名やGビズIDは必須ですか？
必須ではありません。令和3年4月1日から労働基準法等に係る手続の電子申請では電子署名・電子証明書が不要です。e-Govアカウントまたは労働条件ポータルサイトのアカウントで申請できます。社会保険労務士が代行する場合も証票のコピーを添付すれば可能です。
郵送や窓口でも再提出できますか？受付印付きの控えは必要ですか？
できます。窓口持参、郵送、電子申請のいずれも所轄労働基準監督署が受け付けます。窓口・郵送では届出書を2部提出し、受付印を押した1部が控えとして返戻されます。電子申請では令和5年2月27日から受付印付き控えをダウンロードできます。控えと協定書は3年間保存してください。