eLTAXで給与支払報告書を提出後に訂正・追加・取消したいときの直し方

eLTAXで給与支払報告書を一度送信した後に、金額や徴収区分、人数の誤りに気づいても、個人別明細書の「申告区分」を「訂正」または「追加」「取消」に切り替え、総括表の報告人員を対象人数のみで再送信すれば訂正できます。同じ人を「新規」で再送すると二重計上になるため、必ず申告区分を選び直すのが最初の確認ポイントです。期限後や過年度分でも同じ区分で再提出できます。

この記事の対象と前提

対象は、eLTAX（PCdeskや対応する給与・税務ソフト）で給与支払報告書（給与所得の源泉徴収票と一元化して市区町村と税務署へ送るデータ）を提出した事業所の担当者です。年末調整後に誤りが見つかった場合、提出直後に漏れが分かった場合、退職者の扱いを間違えた場合が含まれます。紙で提出した場合の訂正も末尾で補足します。

まず確認すること：最初に見る3点

よくある誤りと原因の切り分け

原因を1つに決めつけず、誤りの種類から必要な訂正区分を選びます。

訂正・追加・取消の違いを整理

eLTAXでは2回目以降の提出時に、個人別明細書ごとに「申告区分（または訂正表示）」を選びます。紙では総括表と個人別明細書の上段欄外に朱書きで「訂正」「追加」「取消」と記入します。総括表の報告人員は、訂正・追加・取消の対象人数だけを記載します（全従業員数を再記入しません）。藤沢市は「対象となる個人別明細書のみ提出」と案内しています。

eLTAX（PCdesk等）での訂正手順

どの市区町村宛ての誰の明細が誤っているかをリスト化します。複数の市区町村にまたがる場合は、市区町村ごとに総括表を作成します。

PCdeskや給与ソフトで対象者分の個人別明細書を開き、正しい金額・住所・徴収区分等に修正します。作成時の「申告区分」欄で「訂正」「追加」「取消」のいずれかを必ず選択します。ソフトによっては「訂正表示」と表示されます。

総括表の報告人員には、今回訂正・追加・取消する人数だけを入力します。普通徴収に該当する人がいる場合は、普通徴収切替理由書も添付します。

送信後、PCdeskのメッセージボックスに届く「申告受付完了通知」の受付番号を控えます。受付結果が「審査中」や「エラー」の場合は、エラー内容に従いCSVレイアウトや市区町村コード（例：藤沢市が案内する統一CSVレイアウト）、指定番号の入力漏れを修正して再送します。

藤沢市の案内では、事業所名称・指定番号・利用者ID・受付番号を手元に用意して市民税課へ電話で確認できます。ポータルセンターの保存は120日間です。

紙で訂正する場合の書き方

eLTAXの申告区分が選べない、または紙での提出を求められたときは、次の方法で再提出します。

訂正に必要な情報・書類

自分で直せないケースと次にやること

次のような場合は、送信を繰り返す前に原因を確認し、eLTAXヘルプデスクや提出先市区町村へ相談します。

相談先・エスカレーション

国税庁は、eLTAXでの一元化はPCdesk（DL版）等で行い、e-Taxソフトのみでは一括作成・送信できないと案内しています。利用方法に迷うときは、上記の窓口へご相談ください。

自治体・期限・提出方法による違い

提出期限は原則1月31日ですが、神戸市が案内するように2026年度（令和8年度）は2026年2月2日（月曜）が期限です。期限を過ぎた訂正提出は可能です。eLTAXと紙・光ディスク等の提出方法は併用せず、いずれかで提出します。紙の案内はがきが届いても、eLTAXで提出済みなら対応不要です（藤沢市）。提出義務の有無は、前々年の源泉徴収票提出枚数が100枚以上の場合にeLTAX等での電子提出が義務付けられる点も確認しておきます（中野区・武蔵村山市の案内）。

よくある質問

公式情報と確認日

本記事は2026年8月20日時点の公式情報で確認しています。提出期限や申告区分の運用は自治体により細部が異なる場合があります。

関連手続きと次の行動

給与支払報告書の訂正後は、特別徴収税額決定通知の内容が正しく修正されるか、源泉徴収票の合計表との整合を確認します。年末調整自体を誤っていた場合は、翌年1月31日までは会社側で再年調、以降は従業員が確定申告で是正します。法定調書（源泉徴収票）の本店一括提出の承認が必要な場合は、提出日の2か月前までに所轄税務署へ承認申請書を提出します。