給与支払報告書を1月31日（2026年は2月2日（月））の期限に遅れても、提出自体は可能です。eLTAXなら総括表の申告区分を「追加」にして漏れた従業員分だけを送信し、郵送なら総括表に「追加分」と明記して追加分のみを送ります。ただし期限後提出分は5月に事業所へ届く特別徴収税額通知に反映されない場合があり、普通徴収や翌月の税額変更で処理されます。
提出期限の原則と2026年の確定期限
給与支払報告書の法定提出期限は、地方税法第317条の6に基づき毎年1月31日です。1月31日が土日祝日に当たる年は翌開庁日が期限となります。2026年（令和8年度）は1月31日が土曜日のため、神戸市の案内では2026年2月2日（月）が確定期限とされています。対象は前年中に給与を支払った従業員で、1月1日現在の住所地の市区町村ごとに提出します。
提出期限と対象の要点
- 原則：毎年1月31日（休日のときは翌開庁日）
- 2026年（令和8年度）の神戸市の確定期限：2026年2月2日（月）
- 提出先：従業員の1月1日現在の住所地の市区町村
- 前年中に給与を支払った全従業員が対象（退職者・休職者を含む場合があります）
期限後に気づいたときの初動確認
まずは漏れのパターンを切り分けます。初回提出自体を忘れていたのか、一部従業員分だけ漏れていたのか、提出後に内容の誤りに気づいたのかで、申告区分と添付範囲が変わります。
初動で確認すること
遅れた場合の提出方法：eLTAXと郵送・窓口の分岐
期限後の「追加提出」は、通常の新規提出と同じ窓口で受け付けられます。eLTAXと郵送・窓口の手順は次のとおりです。光ディスクは市区町村により取扱いが異なるため、利用前に必ず提出先へ確認してください。
| 提出方法 | 追加時の操作 | 添付範囲 | 注意点 |
|---|---|---|---|
| eLTAX（PCdesk等） | 総括表データの申告区分を「追加」に設定し、報告人員は追加人数のみを入力 | 漏れていた従業員の個人別明細書のみ | 全従業員分を再送信すると重複提出になり住民税が正しく計算されないおそれがあります |
| 郵送・窓口（紙） | 総括表に「追加分」と明記し、摘要欄にも「追加分」と記載。仕切紙で特別徴収・普通徴収を区分 | 漏れていた従業員分の個人別明細書のみ。普通徴収分は切替理由書を添付 | 総括表は追加分用を新たに作成。過去に光ディスクで提出した場合でも、追加・訂正は書面のみとする自治体があります（神戸市の例） |
手順：eLTAXで期限後に追加提出する
eLTAXのPCdesk等で総括表を新規作成し、申告区分を「追加」に切り替え、報告人員に追加人数のみを入力します。
漏れていた従業員の個人別明細書を作成します。普通徴収に該当する場合は、普通徴収欄に「1」を入れ、摘要欄に理由コード（普a〜普d）をテキストで必ず入力します。
提出先市区町村ごとにデータをまとめてeLTAXへ送信します。複数の市区町村がある場合でもeLTAXで一括送信できます。送信後はメッセージボックスの受付結果を必ず確認します。
5月の特別徴収税額通知に反映されるかどうかを、提出先市区町村へ確認します。反映されない場合は、普通徴収への切替えや税額変更通知の発送時期を案内に従って対応します。
手順：郵送・窓口で期限後に追加提出する
市区町村所定の総括表（神戸市の例ではPDFの様式）を用意し、表題や余白に「追加分」と朱書き・明記します。
漏れていた従業員分の個人別明細書に「追加分」と記載し、摘要欄に普通徴収理由を明記します。普通徴収切替理由書には理由別の人数を記入します。
総括表・個人別明細書・仕切紙を一式にして、従業員の住所地の市区町村（例：神戸市市税事務所 法人税務課特別徴収担当）へ郵送または持参します。総括表を送付していない事業所では市区町村から総括表が送付されていない場合があるため、様式は公式サイトからダウンロードします。
期限後に提出したときの税額通知・特別徴収への影響
期限後提出の最も実務的な影響は、5月に事業所へ送られる特別徴収税額通知（特別徴収義務者用）に間に合わないことです。
影響とその後の処理
- 5月通知に反映されない場合、該当従業員は当初の特別徴収の対象から外れ、普通徴収（本人宛の納付書）や、翌月以降の税額変更通知で特別徴収税額が補正されることがあります
- 従業員には「住民税の徴収方法が一時的に普通徴収に切り替わる可能性がある」ことを事前に説明し、納付書が届いた場合の対応を案内します
- 退職・休職で普通徴収が相当な場合は、追加提出時に摘要欄へ正しい理由コードを記載していれば、市区町村側で普通徴収として処理されます。理由記載がないと特別徴収として扱われるおそれがあります（神戸市の注意）
よくある質問
期限後提出に罰則はありますか
地方税法上、給与支払報告書の提出は給与支払者の義務です。期限後に気づいた場合は速やかに提出すれば受理されますが、督促や調査の対象になることを避けるため、遅延理由を問わず速やかに追加提出し、提出先市区町村へ連絡してください。eLTAXの24時間稼働（1月中はメンテナンス時間を除き24時間利用可）を活用し、次回以降はオフピークの早朝・夜間帯の提出も検討してください。
「訂正」と「追加」の違いは何ですか
「追加」は提出が漏れていた従業員分を後から足す場合、「訂正」は既に提出した内容（金額・住所・徴収区分など）に誤りがあった場合に使います。eLTAXでは総括表の申告区分をそれぞれ「追加」「訂正」に設定し、該当者の個人別明細書のみを添付します。郵送では総括表と摘要欄に「追加分」「訂正分」と明記します。
eLTAXで全従業員分を再送信してもよいですか
追加・訂正の際は該当者分のみを送信してください。全従業員分を再送信すると、市区町村側で重複と判定され住民税が正しく計算されないおそれがあります。神戸市の案内でも重複提出への注意が呼びかけられています。
当サイトの内容は参考情報です。提出先・様式細部・普通徴収の取扱いは市区町村により異なる場合があるため、必ず従業員の住所地の市区町村の最新案内をご確認ください。eLTAXの操作や一元化の事前準備（e-Tax利用者識別番号・電子証明書）は地方税共同機構の案内とヘルプデスクもご参照ください。