結論からお伝えします。確定申告書 第二表の「給与・公的年金等以外の所得に係る住民税の徴収方法」で「給与から差引き（特別徴収）」と「自分で納付（普通徴収）」を間違えた場合、所得税の申告期限内（令和7年分は令和8年3月16日まで）なら訂正した申告書を再提出します。期限後に税額を間違えていた場合は「修正申告」または「更正の請求」で訂正します。税額は合っているが徴収方法だけを間違えた場合は、住民税の納税通知書が届く前にお住まいの市区町村へ早めにご相談ください。通知書が届いた後は原則変更できません。
この記事で分かること
手続きの要点を最初に確認します。
- 第二表の徴収方法欄はどこか、給与から差引きと自分で納付の違い
- 間違いに気づいた時期別の正しい訂正方法（期限内・期限後の税額訂正）
- 税額は正しいが徴収方法だけ間違えたときの市区町村への相談タイミングと限界
住民税の徴収方法とは？第二表のどこに書くのか
確定申告書 第二表の下部にある「住民税・事業税に関する事項」欄に、「給与・公的年金等以外の所得に係る住民税の徴収方法」を選ぶ項目があります。給与や公的年金以外の所得（副業の事業所得、不動産所得、一時所得など）がある場合に、その分の住民税を「給与から差引き（特別徴収）」でまとめて納めるか、「自分で納付（普通徴収）」で納付書や口座振替で自分で納めるかを選びます。
| 項目 | 給与から差引き（特別徴収） | 自分で納付（普通徴収） |
|---|---|---|
| 納め方 | 勤務先の給与から毎月天引き | 自宅に届く納付書・口座振替で自分で納付 |
| 対象 | 給与・公的年金等以外の所得に係る住民税を選択した場合 | 同左で「自分で納付」に○をした場合 |
| 会社に分かるか | 勤務先へ住民税額が通知され、副業の所得が推測される可能性があります | 副業分の住民税は自宅に通知され、勤務先に知られにくくなります |
| 記入方法 | 第二表の「特別徴収」欄に○ | 第二表の「自分で納付」欄に○ |
| 記入漏れ | 原則「給与から差引き（特別徴収）」にまとめて課税されます（北区の案内） | 同左 |
間違いに気づいた時期で手続きは3パターンに分かれます
まずはご自身がどのパターンかを確認します。
- パターンA：申告期限内（令和7年分は令和8年3月16日まで）に気づいた
- パターンB：申告期限後に「税額」を少なく申告していたことに気づいた（修正申告）
- パターンC：申告期限後に「税額」を多く申告していたことに気づいた（更正の請求）
- パターンD：税額は正しいが「徴収方法」だけを間違えた
パターンA：申告期限内に気づいた場合の訂正（再提出）
申告期限内であれば、正しい内容で作成し直した確定申告書を、期限までに再提出します。この場合は「訂正申告」として扱われ、最後に提出した申告書の内容が有効になります。税務署へ訂正した旨を連絡する必要はなく、e-Taxなら訂正後のデータを再送信、書面なら再提出します。ただし、当初の申告で還付金が既に支払われている場合で、再提出により還付金が減る場合や納付が発生する場合には、差額の精算が必要です（国税庁 Q21）。
e-Taxで再送信する場合：確定申告書等作成コーナーで訂正後の申告書を作成し、再度送信します。送信後は受信通知で受付を確認します。
書面で再提出する場合：訂正後の申告書 第一表・第二表を印刷し、所轄税務署へ郵送または持参します。控えが必要な場合は2部用意します。
住民税の徴収方法を訂正した場合は、再提出が税務署から市区町村へデータ送信された後に反映されます。市区町村の税額決定前かを確認したい場合は、お住まいの市区町村へ連絡します。
パターンB：期限後に税額を少なく申告していた場合（修正申告）
法定申告期限後に、納める税金が少なすぎた・還付金が多すぎたと気づいた場合は「修正申告」で訂正します。修正申告は税務署から更正を受けるまではいつでもできますが、できるだけ早く提出します。令和4年分以降は「申告書 第一表」と「第二表」を所轄税務署へ提出します。新たに納める税金は修正申告書の提出日が納期限となり、法定納期限の翌日から延滞税がかかることがあります。税務調査の事前通知後に修正申告すると過少申告加算税がかかる場合があるため、気づいたら早めに対応します（国税庁 No.2026）。
パターンC：期限後に税額を多く申告していた場合（更正の請求）
納める税金が多すぎた・還付金が少なすぎた場合は「更正の請求」ができます。更正の請求書を所轄税務署長へ提出し、内容が正当と認められると減額更正が行われ、納め過ぎた税金が還付されます。請求できる期間は原則として法定申告期限から5年以内です。所得金額や所得控除の訂正があっても最終的な税額に異動がない場合は請求できません。国税庁ホームページの「更正の請求書・修正申告書作成コーナー」で作成し、e-Taxまたは書面で提出できます（国税庁 No.2026）。
更正の請求が認められると、所得税だけでなく住民税・事業税の情報も市区町村へ送信され、住民税額が訂正されます。この際も、第二表の徴収方法欄を正しく記入し直します。
パターンD：税額は合っているが徴収方法だけを間違えた場合の注意点
住民税の「徴収方法」だけを間違え、税額自体は正しい場合は、所得税の修正申告・更正の請求の対象になりません。この場合は「住民税の徴収方法の変更」として、お住まいの市区町村へ相談します。
市区町村への相談の目安
- 納税通知書が届く前（住民税の税額決定前）なら、市区町村が対応できる場合があります。5～6月頃に届く「住民税の納税通知書」または「特別徴収税額通知書」が届く前が目安です。
- 通知書が届いた後（税額決定後）は、原則として当年度の徴収方法の変更はできません。翌年度以降の申告で正しく選択します。
- 副業分の住民税を普通徴収にしたいのに誤って特別徴収にした場合、勤務先へ副業分の税額が合算して通知される可能性があります。気づいたらすぐに市区町村へ電話で「第二表の徴収方法を間違えたが訂正できるか」を確認します。
問い合わせ先と必要なもの
手続き別の問い合わせ先
- 所得税の訂正（再提出・修正申告・更正の請求）：所轄税務署、または国税庁の確定申告書等作成コーナー（e-Tax）
- 住民税の徴収方法の訂正相談：お住まいの市区町村 税務課・住民税担当（第二表の記載ミスであることを伝えます）
- 不明な場合：国税局電話相談センターまたは市区町村の税務窓口
相談・手続きの前に、申告書の控え（第一表・第二表のコピー）、本人確認書類、届いている場合は住民税の納税通知書を手元に用意するとスムーズです。
よくある質問
副業が会社にバレたくないのに特別徴収を選んでしまいました。どうすればよいですか。
住民税の納税通知書が届く前であれば、お住まいの市区町村へ「第二表の徴収方法を自分で納付に訂正したい」と早めにご相談ください。市区町村が税額決定前であれば、副業分の住民税を普通徴収へ分けられる場合があります。通知書が届いた後は当年度の変更は原則できません。所得税の税額自体が正しければ税務署での修正申告は不要です。
e-Taxで送信した申告を訂正したい場合、どう操作しますか。
申告期限内なら、訂正後の申告書データをe-Taxで再送信します。特に税務署へ連絡は不要です。期限後の税額訂正なら、国税庁の「更正の請求書・修正申告書作成コーナー」で更正の請求書または修正申告書を作成し、e-Taxまたは書面で所轄税務署へ提出します。添付書類を追加する場合は申告書等送信票とともに提出します。
更正の請求と修正申告はどう違いますか。
税金を多く払いすぎた・還付金が少なかった場合は「更正の請求」で税務署に減額を求めます。期間は原則法定申告期限から5年以内です。税金を少なく申告していた・還付金が多かった場合は「修正申告」で正しい税額に直し、差額を納付します。いずれも所得税の手続きで、内容が市区町村へ送信され住民税も訂正されます。
まとめ：今日やることチェックリスト
間違いに気づいたらすぐ確認します。
住民税の徴収方法の選択は、所得税額には影響しませんが、副業の有無が勤務先に伝わるかどうかに関わる大切な項目です。迷った場合は、申告期限前なら税務署へ、住民税の通知前なら市区町村へ早めにご相談ください。当サイトの税務手続き関連記事もあわせてご確認ください。