結論として、マイナポータル連携で子供など家族分の医療費通知や控除証明書が取得できない主な原因は、代理人登録が完了していないか、家族本人側の事前準備が漏れていることです。申告者と家族それぞれのマイナンバーカードを使ってマイナポータルの「代理人を新規登録する」から医療費通知と控除証明書の権限を付与し、有効期間を6か月後の月末までで設定すると、確定申告書等作成コーナーで家族分の連携が可能になります。
取得できない症状と事前条件を確認する
確定申告書等作成コーナーで「マイナポータル連携」を実行しても、家族（配偶者や子供）の医療費通知、生命保険料や地震保険料などの控除証明書が表示されない、取得ボタンが灰色のまま、エラーで中断するといった症状が出ます。家族分を連携するには、申告者側のマイナポータル連携事前準備だけでなく、事前にマイナポータルで代理人登録を完了していることが必要です。また、医療費通知以外の控除証明書等は、家族本人のマイナポータル利用者登録などの事前準備も必要になります。
登録前に用意するもの
登録前に用意するものリスト
- 申告者（代理人になる方）のマイナンバーカードと利用者証明用電子証明書の暗証番号（数字4桁）
- 家族（委任者：子供や配偶者）のマイナンバーカードと同暗証番号
- スマートフォン（iPhoneはXS以降・iOS 18.5以上、Androidはマイナポータル対応端末）と最新マイナアプリ、またはパソコン＋ICカードリーダライタ
- 家族が医療費通知以外の控除証明書を取得する場合は、家族本人もマイナポータルの利用者登録と券面事項入力補助用暗証番号（4桁）・署名用パスワード（6〜16文字）の準備が必要です
よくある4つの原因
よくある原因4つ
- 原因1：代理人登録自体が未完了（マイナポータルで代理人メニューが未設定）
- 原因2：スマホ用電子証明書・iPhoneのマイナンバーカードの条件不一致（子供がスマホ用電子証明書を登録していない、または15歳未満で原則電子証明書の取り扱いが異なる等でスマホ認証が通らない）
- 原因3：医療費通知以外の控除証明書で家族本人のマイナポータル事前準備が未完了（家族本人の利用者登録・マイナンバー連携が済んでいない）
- 原因4：代理権限の有効期間切れや権限付与漏れ（医療費通知サービスと控除証明書提供が別項目のため、片方のみにチェックして連携できない）
原因別の対処と分岐
原因1の場合は、マイナポータルのトップ右上のメニューから「代理人の登録」を選び直し、後述の6ステップで登録を完了します。原因2でスマホ認証が通らないときは、一度パソコン＋ICカードリーダライタ、またはパソコン表示の二次元コードを親のスマホのマイナアプリで読み取る方法に切り替えます。スマホ用電子証明書を登録している端末ではスマホ証明書の暗証番号（4桁）で認証し、未登録なら実物のカードの利用者証明用暗証番号（4桁）で認証します。
原因3では、家族本人の端末または家族のカードを借りて家族本人のマイナポータルで利用者登録を完了させます。国税庁の案内では、医療費通知情報以外の控除証明書等は家族本人の事前準備が必要と明記されています。家族本人の準備が終わってから、改めて申告者側のマイナポータル連携を実行します。原因4では、登録時の「代理人に委任する権限やサービスを選択する」画面で、医療費通知情報サービスと確定申告への医療費通知情報提供、確定申告・年末調整への控除証明書提供（医療費通知以外）の3つを用途に応じて選び、有効期間の開始日を当日以降、終了日を委任者の電子証明書有効期限内で設定します。
正しい代理人登録と連携の6ステップ
マイナポータルに申告者本人のマイナンバーカードまたはスマホ用電子証明書（iPhoneのマイナンバーカード）でログインし、トップのメニューから「代理人の登録」を選択します。
代理人メニューで「新たに代理人を指定する」または「代理人を登録する」を押し、登録方法として「マイナンバーカードで本人認証」を選びます。スマホ用電子証明書を登録済みの端末ではスマホ証明書でログインします。
代理人（申告者）と委任者（家族）のカード認証を行います。パソコンの場合はICカードリーダライタに家族のカードをセットして暗証番号4桁を入力、スマホや二次元コードの場合は画面指示に従い別の端末のマイナアプリでコードを読み取り、家族カードの暗証番号を入力して読み取ります。
「代理人に委任する権限やサービスを選択する」画面で、代理関係名と有効期間を設定します。有効期間は開始日を当日、終了日を6か月後の月末の範囲で、委任者の電子証明書有効期限を超えない日付にします。確定申告用の絞り込みチェックを使うと税務関連項目に絞れます。
「医療費通知情報サービス」「確定申告への医療費通知情報提供」「確定申告・年末調整への控除証明書提供（医療費通知以外）」など必要な権限にチェックを付けます。医療費通知と控除証明書は別項目のため、家族分の医療費と生命保険料などを両方連携する場合は両方にチェックが必要です。
確認画面で内容を確認し「完了」を押します。登録完了後、確定申告書等作成コーナーに戻り「マイナポータル連携」を再実行します。事前に家族本人のマイナポータル事前準備が必要な場合は、家族本人の登録完了後に再連携します。
スマホ・パソコン別の認証の切り替え
iPhoneのマイナンバーカードを追加しているiPhoneでは、Face IDまたはiPhoneのマイナンバーカード暗証番号（4桁）でログインできます。Androidでスマホ用電子証明書を登録している端末では、スマホ用利用者証明用電子証明書の暗証番号（4桁）で認証します。未登録の場合は実物のカードの利用者証明用暗証番号で認証し、カードをスマホにかざして読み取ります。パソコンでICカードリーダライタが使えないときは、パソコン画面の二次元コードを親のスマホのマイナアプリで読み取る方法が安定しています。二つの端末が必要な点に注意します。
それでも取得できないときの再チェックリスト
再チェックリスト
取得できなかった情報の代替と次の行動
代理人登録や家族本人の準備が当日中に間に合わない場合は、今回の申告では該当の控除証明書や医療費通知を手入力・書面添付で提出し、来年以降の申告に向けて代理人登録を有効期間内で再設定する方法があります。医療費控除の明細は医療費通知が取得できなくても領収書や支払明細から作成できます。控除証明書は保険会社等の再発行で原本を確保し、e-Taxで再提出します。翌年以降は誕生月などで電子証明書の有効期限が切れる前に代理権限の更新を確認します。
よくある質問
子供のマイナンバーカードを親のスマホに追加して代理人登録できますか？
子供のマイナンバーカードそのものを親のスマホ用電子証明書やiPhoneのマイナンバーカードとして追加することはできません。代理人登録では、親のマイナポータル上で子供の実物のマイナンバーカードを読み取って認証します。子供本人のスマホへの追加が不要な点と混同しないようにします。
医療費通知は取得できたのに生命保険料控除証明書が家族分だけ取得できません。
医療費通知は代理人登録のみで取得できることがありますが、生命保険料などの控除証明書は家族本人のマイナポータル事前準備（利用者登録や保険会社との連携準備）が別途必要です。家族本人の端末でマイナポータルの事前準備を完了させてから、再度代理人経由で連携してください。
代理人の有効期間はどれくらいに設定すればよいですか？
有効期間の開始日は設定当日、終了日は6か月後の月末までの範囲で、委任者の電子証明書の有効期限を超えない日付に設定します。確定申告シーズン前に切れていないか、申告直前に代理人メニューで一覧を確認します。
公式情報と確認日
本記事はデジタル庁マイナポータルの代理人登録マニュアルと、国税庁確定申告書等作成コーナーの家族分連携に関する案内を基に、2026年8月28日に確認した内容で作成しています。制度や画面表示は更新される場合があるため、操作時はマイナポータルと確定申告書等作成コーナーの最新画面の案内も併せて確認してください。