結論として、マイナポータル連携の医療費通知情報は毎年2月9日以降に前年1月から12月分の保険診療分のみが取得でき、はり・きゅうや整骨院の柔道整復などは対象外です。取得時期前や事前準備の未完了、保険者からのデータ未提供が原因で反映されないことがあり、その分は領収書などで手入力して確定申告します。2026年8月28日時点の国税庁公式情報で確認しています。

症状を確認する：連携したのに医療費が表示されない状態とは

確定申告書等作成コーナーで「マイナポータル連携」を実行したのに、医療費の件数が0件、一部のみ表示される、12月分だけ表示されない、家族の分が表示されないといった状態を指します。表示されない＝申告できないわけではありません。医療費通知情報の対象や取得時期を確認し、足りない分を手入力すれば申告できます。

主な原因は5つあります

主な原因一覧

  • 対象外の医療費である（自由診療、はり・きゅう、整骨院・接骨院の柔道整復療養費など保険診療以外）
  • 取得時期前である（前年分は毎年2月9日以降でないと取得できません）
  • マイナポータル連携の事前準備が未完了である（マイナンバーカードの読取りや連携設定、事前準備が済んでいない）
  • 保険者からマイナポータルへ医療費データが提供されていない、または反映が遅れている
  • 家族の医療費を代理人登録せずに取得しようとしている

原因別の確認と対処法

対象外の医療費でないか確認します。マイナポータル連携で取得できるのは保険診療分の医療費通知情報に限られます。はり・きゅう等の施術費用や整骨院・接骨院で受けた柔道整復療養費などは含まれないため、該当する分は領収書で手入力が必要です。詳細は国税庁が案内するマイナポータルよくある質問で対象をご確認ください。

取得時期を確認します。前年1月〜12月診療分の医療費通知情報は、毎年2月9日以降に取得可能になります。令和6年分の医療費を令和7年1月に取得しようとしても表示されません。2月9日以降に再度「医療費通知情報の取得」を実行してください。毎年2月上旬以降取得可能という案内もあり、年によって数日の前後があるため、取得できないときは2月9日以降に再試行します。

マイナポータル連携の事前準備を再確認します。マイナンバーカード（利用者証明用電子証明書：数字4桁、署名用電子証明書：英数字6〜16文字）と、読取り対応スマートフォンまたはICカードリーダライタが必要です。マイナポータルの「確定申告の事前準備」ページで連携設定が完了しているか、確定申告書等作成コーナー側でマイナポータル連携の操作が完了しているかを確認します。事前準備が未完了の場合は、設定後に再度取得します。

保険者データの提供状況を確認します。同じ医療機関でも保険者のデータ提供のタイミングにより反映が遅れることがあります。再度取得しても反映されないときは、医療費通知情報の取得を待たずに領収書などで手入力し、確定申告期限（原則翌年3月15日）に間に合うように申告します。

家族の医療費を取得するときは代理人登録を確認します。申告に含める家族の医療費をマイナポータル連携で取得するには、事前にマイナポータルで代理人の登録が必要です。申告者と家族それぞれのマイナンバーカードを用いて登録し、登録後に再度取得してください。

反映されないときの正しい申告方法（手入力）

マイナポータル連携で取得できた医療費は自動入力し、取得できなかった分は「医療費控除の明細書」に手入力で追記します。保険金や高額療養費で補填された金額がある場合は差し引いた金額を入力します。医療費通知情報に記載された金額と領収書の金額が異なる場合は、実際に支払った領収書の金額で申告します。手入力と自動入力の併用は可能です。

手入力で必要な情報

  • 医療を受けた方の氏名
  • 病院・薬局などの支払先の名称
  • 医療費の区分（診療・治療、医薬品購入など）
  • 支払った医療費の額
  • 保険金などで補填される金額がある場合はその額

取得できないときの代替と問い合わせ先

操作で解決しないときは、国税庁の確定申告書等作成コーナーのヘルプデスクや、国税相談専用ダイヤルへご相談ください。操作面の不具合と税務相談は窓口が異なります。事前準備の動画や「マイナポータル連携特設ページ」もご確認いただけます。医療費通知情報の詳細な対象については、マイナポータルのよくある質問（医療費通知情報）をご確認ください。

12月分の医療費がマイナポータル連携で表示されません。どうすればいいですか？

12月診療分を含む前年分の医療費通知情報は、毎年2月9日以降に取得可能になります。1月や2月上旬に取得しても12月分は表示されません。2月9日以降に再度取得するか、領収書で手入力して申告してください。申告期限に間に合わせるため、待てない場合は手入力での申告が可能です。

整骨院やはり・きゅうの費用が反映されません。

マイナポータル連携の医療費通知情報は保険診療分が対象で、はり・きゅう等の施術費用や整骨院・接骨院の柔道整復療養費などは含まれません。対象外の費用は医療費通知情報では取得できないため、領収書に基づいて手入力で申告してください。

家族の医療費が一緒に取得できません。

家族の医療費をマイナポータル連携で取得するには、事前にマイナポータルで代理人の登録が必要です。申告者と家族のマイナンバーカードを使って登録し、登録後に再度取得してください。登録がない場合は家族分は表示されません。