年末残高情報がマイナポータル連携で表示されないときは、借入先が調書方式に対応しているか、適用申請書とマイナンバーを金融機関へ提出済みか、金融機関が税務署へ年末残高調書を期限内に提出しているか、e-Taxマイページでの取得希望登録と利用者識別番号の紐づけが完了しているかを順に確認します。6つのポイントを押さえると、自宅のマイナポータルから再取得できるか、手入力で代替できるかが判断できます。
症状の確認：いつ・どこで表示されないのか
次の画面で「対象情報がありません」「年末残高情報が表示されません」と出る場合は、マイナポータル連携側の事前準備や金融機関側の手続に原因があることが多いです。確定申告書等作成コーナーで年末残高情報を自動入力しようとしたとき、マイナポータル「口座情報・控除情報」や「e-私書箱」で取得しようとしたときのどちらで表示されないかを確認します。
表示されない場面の切り分け
- 確定申告書等作成コーナー＞マイナポータル連携で年末残高情報が選択肢に出てこない
- マイナポータル＞「確定申告の事前準備」で年末残高情報の取得対象に金融機関名が出ない
- マイナポータルの連携自体は成功したが、取得できる控除情報に住宅ローンが含まれない
表示されない6つの原因と対処
国税庁のFAQ（令和8年6月19日更新）問11を中心に、よくある原因を6つに整理しました。上から順に確認すると、手戻りが少なくなります。
| 原因 | 確認方法 | 対処 |
|---|---|---|
| 1. 借入先が調書方式に未対応（経過措置で証明書方式） | 国税庁「調書方式に対応した金融機関一覧」で検索。載っていなければ未対応 | 金融機関から年末残高証明書を書面で取得し、確定申告書に添付または年末調整で勤務先へ提出 |
| 2. 適用申請書・マイナンバー未提出 | 借入先に「住宅ローン控除の適用申請書」を提出したか、マイナンバーまたは利用者識別番号を登録したか確認。住宅金融支援機構は住・My Noteの登録履歴で確認 | 金融機関所定の申請書にマイナンバー等を記載して提出。機構は居住翌年1月15日までに住・My Noteで登録。登録翌年分の調書から反映 |
| 3. 金融機関の年末残高調書がまだ提出前 | 提出期限は初年度が居住翌年1月31日、2年目以降は10月31日。期限前は情報が連携されません | 期限後に再取得を試す。急ぐ場合は返済予定表等で残高を手入力して申告（後述） |
| 4. e-Taxマイページでの取得希望登録・紐づけ未完了 | e-Taxマイページ＞「マイナポータル連携」＞「e-Taxからの情報取得について」で「年末残高等情報」の取得希望登録とマイナポータル連携が完了しているか確認 | e-Taxマイページで取得希望登録を行い、マイナポータルと紐づけ。詳細は国税庁「e-Taxからの情報取得について」を参照 |
| 5. 利用者識別番号を変更後に再登録していない | 過去に利用者識別番号を変更した場合、FAQ問9のとおり再登録が必要です | e-Taxマイページで再度、情報取得希望の登録を行います |
| 6. マイナポータルでの取得操作の選択ミス | 「証明書等の選択」画面で「国税庁」を選ぶ必要があります（機構の案内でも注意喚起）。「住宅金融支援機構」を選ぶと取得できません | 再取得時に「国税庁」を選択して連携します |
正しい連携手順：事前準備から取得まで
事前準備は居住を開始した年内に行うのが原則です。下の順で進めます。
借入先が調書方式対応かを国税庁一覧で確認し、対応していれば適用申請書を金融機関へ提出する
e-Taxマイページでマイナポータル連携の設定と「年末残高等情報」の取得希望登録を行う
マイナポータルで「確定申告の事前準備」から年末残高情報の取得を行う。取得対象に借入先が表示されるか確認する
確定申告書等作成コーナーで「マイナポータル連携」を選び、年末残高情報を自動入力する。「国税庁」を選択する
2年目以降は、金融機関が10月31日までにその年分の年末残高調書を税務署へ提出した後に情報が更新されます。年末調整で使う場合は、勤務先の指定日までに取得できるか確認し、間に合わないときは証明書方式で対応します。
それでも表示されないときの代替：返済予定表で手入力する
期限前や、金融機関がまだ調書方式に対応していない等の理由で連携できない場合でも、住宅ローン控除自体は受けられます。FAQでは、マイナンバーカードを持っていない等の理由で連携できない方は、返済予定表等の書類で残高を確認して申告書に入力する方法が案内されています。
手入力で申告する手順
- お手元の返済予定表、返済明細、借入残高のお知らせ等で12月31日現在の残高を確認する
- 確定申告書等作成コーナーで「住宅ローン控除」を選択し、残高を手入力する
- 2年目以降の年末調整では、金融機関から交付された年末残高証明書（証明書方式の場合は書面）を勤務先へ提出する
よくある質問
適用申請書を出し忘れた場合、過去の年分はマイナポータルで取得できますか？
FAQ問16のとおり、年末残高調書は適用申請書の提出があった年分以後の年分について提出されます。提出前の年分は連携対象外なので、マイナポータルでは取得できません。過去分は返済予定表等で残高を確認して申告します。
利用者識別番号を変更したら、再登録は必要ですか？
必要です。FAQ問9のとおり、情報取得希望の登録後に利用者識別番号を変更した場合は、再度、情報取得希望の登録が必要です。e-Taxマイページで登録し直してください。
住宅金融支援機構の登録期限を過ぎたらどうなりますか？
機構では居住開始翌年1月15日が登録期限です。期限を過ぎた場合は、居住開始年の確定申告は証明書方式（借入残高証明書の書面）で行います。翌年分以降は登録後に調書方式へ切り替えが可能です。
まとめ：次に取るべき行動
まずは国税庁の金融機関一覧で借入先が調書方式対応かを確認し、未提出なら適用申請書を提出します。次にe-Taxマイページで取得希望登録とマイナポータル連携、利用者識別番号の再登録漏れがないかを確認し、マイナポータルで「国税庁」を選んで再取得します。期限前でまだ情報がない場合は、返済予定表で残高を手入力して申告を進めます。
手続の詳細は、国税庁のFAQ（令和8年6月19日更新）とよくある質問、住宅金融支援機構の登録手続きページで最新情報を確認してください。金融機関や税務署への問い合わせの際は、借入先名、居住開始年月日、適用申請書の提出日、利用者識別番号の変更歴を手元に用意するとスムーズです。