マイナポータル連携で医療費が反映されないときは、年間一括取得は原則2月9日以降であること、保険診療分のみが対象であること、事前準備が完了していることを順に確認し、反映されない分は領収書をもとに手入力で補完します。
症状と前提の確認
この記事では、確定申告書等作成コーナーでマイナポータル連携を使い、医療費通知情報を自動入力しようとしたのに一覧に出ない、一部しか出ない状態を扱います。全国共通の原則です。表示結果は審査支払機関の情報に基づくため、個別事情がある場合は管轄窓口へご確認ください。
最初に確認する3点
- 取得時期が原則2月9日以降であるか
- 保険診療分であるか、はり等や自由診療ではないか
- マイナポータル連携の事前準備が完了しているか
原因別の確認順
取得時期と対象範囲、事前準備の切り分けを説明します。国税庁の案内では、年間1月から12月分の一括取得は原則2月9日以降に可能とされています。毎月11日に前々月分が更新されます。
回復手順
取得時期を確認します。年間分は原則2月9日に1月から12月分が一括で取得可能になります。毎月11日の更新では前々月分までしか反映されないため、申告時期によっては直近分が表示されません。表示されない月がある場合も異常ではありません。
対象範囲を確認します。2021年9月以降に保険医療機関で支払った公的医療保険に係る医療費が対象です。はり等や柔道整復、自由診療や差額ベッド代、高額療養費として支給を受けた分などは表示されません。該当する場合は連携での自動反映を待たずに領収書で補完します。
事前準備を確認します。マイナンバーカード、利用者証明用電子証明書の数字4桁と署名用電子証明書の英数字6文字から16文字、読取用スマートフォン等が必要です。マイナポータルで確定申告の事前準備を行い、確定申告書等作成コーナーの手順で連携を実行します。
反映されない分を手入力で補完します。国税庁の案内では、電子申告で医療費通知等の事項を入力することで書類の提出に代えることができます。医療費控除の明細書を領収書に基づいて作成し、確定申告書に添付して提出します。
手入力の方法と保存期間
医療費控除では、医療費の領収書に基づいて医療費控除の明細書を作成し、確定申告書に添付します。領収書は確定申告期限等から5年間ご自宅等で保存する必要があります。必要があるときは税務署から提出を求められることがあります。2026年9月5日時点の国税庁の公式情報で確認しています。
手入力時に用意するもの
- 医療費の領収書
- 医療費控除の明細書
- 健康保険組合等の医療費通知
12月分が間に合わないとき
12月診療分を含む年間分は原則2月9日に一括で取得可能になります。毎月11日の更新では前々月分までの反映のため、申告時期によっては直近分が表示されません。その月の分は領収書で明細書を作成し、取得できた月は自動入力と手入力が重複しないように金額を調整します。
送信時のエラーとの切り分け
一覧に出ない状態と、送信後に署名検証エラーが表示される状態は対処が異なります。送信後にHUBH009Eが表示された場合は、取り込んだデータの削除と手入力への置き換え、再送信の手順が必要です。詳しい手順は当サイトの別記事で整理しています。
よくある質問
2月上旬に見ても反映されないのは異常ですか
正常な場合があります。年間分は原則2月9日に一括で取得可能になり、毎月11日は前々月分までの更新です。2月9日前に確認しても年間分は表示されません。申告を急ぐ場合は領収書で手入力します。
はり等や自由診療は反映されますか
反映されません。はり等や柔道整復、自由診療や差額ベッド代、高額療養費として支給を受けた分などは表示されないと案内されています。その分は領収書で明細書を作成します。
一部しか反映されないときはどうしますか
手入力で申告できます。医療費通知に記載のない支払いがある場合も領収書に基づいて明細書を作成します。入力代用とした場合は確定申告期限等から5年間、領収書の保存が必要です。
まとめと次の行動
提出前の最終確認
当サイトの内容は参考情報です。具体的な手続きは管轄の行政機関等の最新案内をご確認ください。表示内容に不明点がある場合は、該当の医療機関または税の相談窓口へお問い合わせください。
マイナポータルと連携した所得税確定申告手続国税庁の案内を確認する