マイナンバーカード本体や署名用電子証明書を更新し、新しい電子証明書が発行された場合は、e-Tax側に再登録します。e-Taxソフト（WEB版）では、マイナンバーカード方式ではなく、利用者識別番号とパスワードでログインして手続きを始めます。
先に用意するもの
WEB版で再登録する前の準備物です。
e-Taxソフト（WEB版）で再登録する手順
e-Taxホームページから「e-Taxソフト（WEB版）」へ進みます。パソコンで操作し、カードの読み取り方法としてICカードリーダライタまたはスマートフォンを用意します。
利用者識別番号とパスワードを入力してログインします。マイナンバーカードでログインした場合は電子証明書を登録できないため、この手続きでは利用者識別番号とパスワードを使います。
ログイン後に「マイページ」から「その他の登録情報」へ進み、「電子証明書の登録」にある「登録する」を選びます。
電子証明書の選択で「ICカード・GビズIDアプリ・スマホ用電子証明書」、カード・アプリの選択で「マイナンバーカード・スマホ用電子証明書」を選びます。
ICカードリーダライタを使う場合は「ICカードリーダーで読み取り」を選びます。スマートフォンを使う場合は「スマートフォンを利用」を選び、パソコンに表示されたQRコードからカード読み取りを進めます。
署名用電子証明書の暗証番号を入力し、表示された電子証明書の内容と有効期限を確認します。問題がなければ「登録・更新する」を選びます。
登録後は「申請完了」の表示だけで終わらせず、「送信結果の確認」から即時通知や受信通知を開き、手続きが完了したことを確認します。
インストール版のe-Taxソフトを使う場合
e-Taxソフトを利用している場合は、利用者ファイル（拡張子「.ncc」）を開き、「利用者情報登録」から「電子証明書登録・更新」へ進みます。所轄税務署や納税地などを確認・入力し、ICカードまたは証明書ファイルを選択して新しい証明書を送信します。最後にe-Taxへ接続し、メッセージボックスの情報で再登録結果を確認してください。
確定申告書等作成コーナーから再登録する場合
確定申告書等作成コーナーでは、申告書の作成・送信の流れの中でも再登録できます。以前からe-Taxを利用している場合は「利用者識別番号をお持ちの方」を選び、「利用者識別番号等の入力」画面で電子証明書を再登録するための項目にチェックを入れて、画面案内に従います。
更新したのに登録できないときの確認順
同じ操作を繰り返す前に、次の順で確認します。
マイナンバーカードでログインしてから再登録できますか？
国税庁のWEB版操作案内では、マイナンバーカードでログインした場合は電子証明書を登録できません。利用者識別番号とパスワードでログインしてください。
再登録はいつ行えばよいですか？
新しい電子証明書でe-Taxの電子署名・送信を行う前に完了させてください。確定申告書等作成コーナーを使う場合は、申告書作成の流れの中でも再登録できます。