結論：セルフメディケーション税制と通常の医療費控除は、同じ年分でどちらか一方のみを選んで適用します。OTC購入費の合計から12,000円を差し引いた額（上限88,000円）が所得控除され、令和8年12月31日までの購入が対象です。一度選択して確定申告書を提出すると、更正の請求や修正申告で他方へ変更することはできません。通常の医療費控除は（支払医療費−保険金補填）−10万円（総所得200万円未満は総所得の5％）、上限200万円です。金額が大きい方を選ぶのが原則です。2026年9月2日時点の国税庁・厚生労働省情報で整理します。
通常の医療費控除とセルフメディケーション税制の違い
| 項目 | 通常の医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 対象 | 自己・生計一親族のために支払った医療費（1月1日〜12月31日） | 特定一般用医薬品等（スイッチOTC等）の購入費（1月1日〜12月31日） |
| 控除額の計算 | （支払医療費−保険金補填）−10万円（総所得200万円未満は総所得の5％） | （支払購入費−保険金補填）−12,000円 |
| 上限 | 200万円 | 88,000円 |
| 併用 | 不可（どちらか一方を選択） | 不可（どちらか一方を選択） |
| 一定の取組 | 不要 | 必要（申告者本人が年内に6類型のいずれかを実施） |
| 対象期間 | 年ごとの支払で判定 | 平成29年1月1日〜令和8年12月31日の購入が対象 |
対象者と6つの一定の取組
セルフメディケーション税制は、年内に次のいずれかの取組を申告者本人が行っている居住者が対象です。
一定の取組 6類型
- 保険者が実施する健康診査（人間ドック、各種健（検）診等）
- 市区町村が健康増進事業として行う健康診査
- 予防接種（定期接種、インフルエンザワクチンの予防接種）
- 勤務先で実施する定期健康診断（事業主健診）
- 特定健康診査（いわゆるメタボ検診）、特定保健指導
- 市区町村が健康増進事業として実施するがん検診
対象医薬品の見分け方
対象は、医療用からOTCに転用されたスイッチOTC医薬品等と、同種の効能を有する一定の医薬品です。
見分け方のポイント
- 購入時のレシート（領収書）に「セルフメディケーション税制対象」等の表示があります。
- 一部の商品パッケージに共通識別マークが掲載されています。
- 厚生労働省ホームページの「対象品目一覧」で品目を確認できます。
どちらが得か：判定フロー
1年間の医療費とOTC購入費をそれぞれ集計し、保険金・給付金で補填された金額を差し引きます。
通常の医療費控除を試算します：（医療費合計−補填）−10万円（総所得200万円未満は総所得の5％）。結果がマイナスなら対象外、上限は200万円です。
セルフメディケーション税制を試算します：（OTC購入費合計−補填）−12,000円。上限88,000円、かつ年内に一定の取組の実施が必要です。
試算額が大きい方を選択します。どちらも下限（通常10万円／5％、セルフ12,000円）を超えない場合は、いずれも適用できません。選択後は変更できないため、領収書と取組証明の保管を確認してから申告します。
計算例
金額イメージ
- 例1：OTC購入費が年間30,000円の場合 →（30,000円−12,000円）＝18,000円が所得控除の対象です。
- 例2：OTC購入費が年間8,000円の場合 →12,000円以下で控除対象外です。
- 例3：医療費が年間15万円、総所得300万円の場合 →（150,000円−100,000円）＝50,000円が控除対象です。例1の18,000円より通常の医療費控除が有利です。
- 例4：総所得180万円で医療費8万円の場合 →5％は90,000円なので8万円は控除対象外です。OTCが18,000円控除可能なら、セルフメディケーション税制が有利です。
手続きと必要書類・5年保存のルール
申告時のチェックリスト
適用期限と今すぐ確認すること
セルフメディケーション税制の対象となる購入期間は、平成29年1月1日から令和8年12月31日までです（No.1129）。令和9年以降の取扱いは、現行法令では延長は定められておらず、法改正がない限り対象外となります。対象期間内の購入分は、翌年の確定申告期限（原則3月15日、還付申告は翌年1月1日から5年以内）までに手続きします。レシートの対象表示と、健康診査等の受診証明に「勤務先名称」や「保険者名」の記載があるかを、早めに確認して保管してください。
医療費が10万円以下でもセルフメディケーション税制は使えますか。
はい、使えます。一定の取組を年内に実施し、OTC購入費が12,000円を超えていれば、医療費が少なくても対象になります。通常の医療費控除が対象外でも、セルフメディケーション税制が有利な場合があります。どちらが得か試算して選択します。
家族のOTC購入費や健診結果は合算できますか。
OTC購入費は、自己と生計を一にする配偶者その他の親族のために支払った分を合算できます。一方、一定の取組は申告者本人の実施が必要です。家族が受診していても、申告者本人が年内に実施していない場合は適用できません。
令和8年12月31日で期限切れと聞きました。急ぐ必要がありますか。
現行法では、令和8年12月31日までに支払った購入費が対象です。令和9年以降の延長は定められていません。対象期間内の領収書は、医薬品名と対象表示を確認して保管し、健康診査等の結果通知表も5年間保存してください。期間後の購入は制度の対象外となります。